Năm 1989 đánh dấu sự phát triển đỉnh điểm về tăng trưởng kinh tế nhanh nhất trong lịch sử Nhật Bản. Với thế mạnh đồng yên và tỷ giá hối đoái phù hợp với Đô-la Mỹ, Ngân hàng Nhật Bản giữ lãi suất thấp, đầu tư phát triển vượt bậc đã đưa giá trị tài sản Tokyo lên sáu mươi phần trăm trong năm. Trong khoảng thời gian ngắn trước ngày đầu của Năm mới, chỉ số Nikkei 225 đạt mức kỷ lục 39.000 điểm. Năm 1991, chỉ số này đã giảm còn 15.000, đánh dấu kết thúc "nền kinh tế bong bóng". Sau đó, Nhật Bản trải qua giai đoạn "khủng hoảng kinh tế thời Heisei", bao gồm hơn một thập kỷ giảm lạm phát giá cả và GDP trì trệ trong khi đó các ngân hàng Nhật Bản cố gắng giải quyết các khoản nợ xấu và các công ty trong các ngành khác cần phải cấu trúc lại. Một số nhà phân tích đổ lỗi việc khủng hoảng kinh tế kéo dài là do việc áp dụng các nguyên tắc kinh tế Neo-Keynesian liên tục của chính phủ Nhật Bản trong các giải pháp thực thi. Tuy nhiên, gần đây, các nhà bình luận cũng đưa ra các dấu hiệu cho thấy nền kinh tế của Nhật Bản đang thoát khỏi cuộc khủng hoảng.

Các vụ scandal năm 1988 đã làm giảm uy tín của Đảng Dân chủ Tự do (LDP), là đảng kiểm soát của chính phủ Nhật Bản trong 38 năm. Năm 1993, LDP đã bị hất cẳng bởi một liên minh do Morihiro Hosokawa đứng đầu. Tuy nhiên, liên minh đã giải tán vì mục đích chính của nó là lật đổ LDP và thiếu một vị trí thống nhất trên hầu hết các vấn đề xã hội. LDP trở lại chính phủ trong 1994, khi nó đã giúp bầu chọn Tomiichi Murayama đảng Xã hội (sau này là Đảng Xã hội Dân chủ) làm Thủ tướng.

Năm 1995, trận động đất lớn ở Kobe xảy ra đồng thời với vụ khủng bố bằng khí sarin vào hệ thống tàu điện ngầm tại Tokyo của những người theo giáo phái Aum Shinrikyo, chính phủ Nhật Bản không trở tay kịp với những sự kiện này làm cho vai trò của các tổ chức phi chính phủ trở nên quan trọng trong chính trị Nhật Bản.

Thời kỳ Heisei cũng đánh dấu những sự tái trỗi dậy một cách thận trọng về sức mạnh quân sự của Nhật Bản trên thế giới. Năm 1991, Nhật Bản cam kết viện trợ hàng tỷ đô la cho chiến tranh vùng Vịnh nhưng các tranh cãi xung quanh Hiến pháp không cho phép hợp tác hoặc hỗ trợ chiến tranh. Iran chỉ trích Nhật Bản về vấn đề này và không đánh giá cao cách mà Nhật Bản hợp tác trong chiến tranh vùng Vịnh. Các tàu quét mìn đã được đưa tới sau cuộc chiến để hỗ trợ cho công cuộc tái thiết đất nước này. Sau cuộc xâm chiếm Iraq lần thứ 2, năm 2003, nội các của Thủ tướng Nhật Bản Junichiro Koizumi chấp thuận kế hoạch chuyển khoảng 1.000 lính thuộc lực lượng phòng vệ Nhật Bản đến giúp cuộc tái thiết Iraq, đây là cuộc chuyển binh lớn nhất kể từ sau thế chiến thứ 2 mà không cần sự đồng ý của Hoa Kỳ. Các đội binh này được chuyển đến Iraq vào năm 2004.

FIFA World Cup là kỳ World Cup đầu tiên được tổ chức tại Châu Á, lần đầu tiên được tổ chức bên ngoài châu Mỹ hoặc châu Âu cũng như lần đầu tiên được tổ chức bởi nhiều quốc gia. Giải vô địch thế giới dành cho các đội tuyển quốc gia của môn bóng đá nam này đã được Nhật Bản và Hàn Quốc phối hợp tổ chức để cải thiện quan hệ.[3]

Vào 23 tháng 10 năm 2004, các trận động đất năm Heisei thứ 16 ở tỉnh Niigata làm rung chuyển vùng Hokuriku, làm chết 52 người và bị thương hàng trăm người (xem động đất Chūetsu năm 2004).

Vào tháng 11 năm 2005, tàu vũ trụ robot của Cơ quan thám hiểm hàng không vũ trụ Nhật Bản (JAXA) đã hạ cánh trên một tiểu hành tinh và thu thập các mẫu dưới dạng các hạt vật chất nhỏ của tiểu hành tinh, được đưa trở lại Trái đất trên tàu tàu vũ trụ vào ngày 13 tháng 6 năm 2010. Đây là tàu vũ trụ đầu tiên trong lịch sử được thiết kế để cố tình hạ cánh trên một tiểu hành tinh và sau đó cất cánh trở lại. Sứ mệnh của Hayabusa là tàu vũ trụ đầu tiên đưa mẫu thiên thạch về Trái đất để phân tích.[4]

Mùa thu năm 2007, Yasuo Fukuda được bổ nhiệm làm Thủ tướng sau khi Shinzō Abe bất ngờ từ chức, sau thất bại trong cuộc bầu cử vào đầu năm. Fukuda lại từ chức vào tháng 9 năm sau do không vượt qua được những chia rẽ trong Quốc hội, và sau đó Taro Aso được bầu vào vị trí của ông.

Năm 2008, Vùng thủ đô Tōkyō có nền kinh tế đô thị lớn nhất thế giới với tổng GDP (danh nghĩa) khoảng 2 nghìn tỷ đô la (165 nghìn tỷ ¥).[5] Vùng thủ đô Tōkyō cũng có dân số đô thị lớn nhất thế giới với khoảng 35 triệu người.

Tháng 7 năm 2009, tỉ lệ thất nghiệp tại Nhật Bản lên đến mức kỷ lục là 5,7% kể từ sau thế chiến thứ 2, vượt qua mức kỷ lục vào tháng 4 năm 2003 là 5,5%.[6]

Ngày 16 tháng 9 năm 2008, Hatoyama Yukio, chủ tịch đảng Dân chủ Nhật Bản, trở thành Thủ tướng thứ 93 của Nhật Bản. Đây là sự chuyển giao quyền lực đầu tiên sau 16 năm ở nước này, kể từ khi chính quyền 9 đảng liên minh do Thủ tướng Morihiro Hosokawa dẫn đầu thay thế chính phủ của đảng Dân chủ Tự do vào năm 1993.[7][8]

Dân số Nhật Bản đạt đỉnh 128 triệu vào năm 2010. Đây là dân số lớn nhất trong lịch sử của Nhật Bản.[9] Dân số đã giảm do tỷ lệ sinh thấp trong những năm tiếp theo.

Vào tháng 7 năm 2010, căn cứ ở nước ngoài sau chiến tranh đầu tiên của JSDF đã được thành lập tại Djibouti, Somalia.[10]

Vào tháng 12 năm 2010, Nguyên tắc Chương trình Quốc phòng 2010 của Nhật Bản đã thay đổi chính sách quốc phòng từ tập trung vào Liên Xô cũ thành Trung Quốc.[11]

Năm 2011, nền kinh tế của Trung Quốc đã lớn thứ hai trên thế giới. Nền kinh tế Nhật Bản giảm xuống thứ ba thế giới theo GDP danh nghĩa.

Năm 2011, một giải đấu sumo đã bị hủy lần đầu tiên sau 65 năm do bê bối dàn xếp trận đấu.

Vào tháng 3 năm 2011, Tokyo Skytree 634,0 mét (2.080 ft)[Chuyển đổi: Số không hợp lệ] đã trở thành tòa tháp cao nhất trên thế giới.[12][13] và là cấu trúc cao thứ hai trên thế giới sau Burj Khalifa.

Vào ngày 11 tháng 3 năm 2011 lúc 2:46 chiều, Nhật Bản hứng chịu trận động đất mạnh nhất được ghi nhận trong lịch sử, ảnh hưởng đến các địa điểm trong ba khu vực của Tohoku, Chubu và Kanto ở phía đông bắc đảo Honshu, bao gồm cả khu vực Tokyo.[14] cường độ động đất là 9.0[15] đã tiến gần đến trận động đất và sóng thần Ấn Độ Dương nghiêm trọng vào tháng 12 năm 2004 ở Nam Á và Đông Nam Á, và trận động đất nghiêm trọng ở Haiti vào tháng 1 năm 2010 và với trận động đất nghiêm trọng ở New Zealand vào tháng 2 năm 2011. Một cơn sóng thần với sóng cao tới 10 mét (32,5 feet) đã tràn vào các khu vực nội địa cách bờ vài km,[16] gây ra một số lượng lớn các đám cháy đáng kể. Tâm chấn của trận động đất nằm rất gần các ngôi làng và thị trấn ven biển đến nỗi hàng ngàn người không thể chạy trốn kịp thời, mặc dù có hệ thống cảnh báo sóng thần.[17] Tại Nhà máy điện hạt nhân Fukushima I và ba nhà máy điện hạt nhân khác, đã xảy ra sự cố nghiêm trọng với hệ thống làm mát,[18] cuối cùng dẫn đến trường hợp ô nhiễm phóng xạ nghiêm trọng nhất kể từ thảm họa Chernobyl (xem Sự cố nhà máy điện Fukushima I), cũng như tình trạng thiếu điện đang diễn ra. Sau trận động đất, lần đầu tiên, Hoàng đế đã nói chuyện với quốc gia trong một chương trình truyền hình được ghi hình trước.

Vào tháng 8 năm 2011, Naoto Kan đã từ chức và Yoshihiko Noda trở thành Thủ tướng. Cuối năm đó Olympus (tập đoàn) đã thừa nhận những bất thường trong kế toán. (Xem âm mưu Tobashi.) Noda thúc đẩy Nhật Bản xem xét tham gia Đối tác kinh tế chiến lược xuyên Thái Bình Dương, nhưng đã bị đánh bại trong một cuộc bầu cử năm 2012 bởi Abe Shinzō.

Vào tháng 12 năm 2012, các chính sách Abenomics được ban hành để xử lý hậu quả của Thập kỷ mất mát và khủng hoảng nhân khẩu học ở Nhật Bản.

Trong nửa đầu năm 2014, Toyota đã trở thành nhà sản xuất ô tô lớn nhất thế giới bán 5,1 triệu xe trong sáu tháng kết thúc vào ngày 30 tháng 6 năm 2014, tăng 3,8% so với cùng kỳ năm trước. Volkswagen AG ghi nhận doanh số 5,07 triệu xe.[19]

Thủ tướng Abe Shinzō đã tìm cách chấm dứt giảm phát, nhưng Nhật Bản đã bước vào suy thoái một lần nữa vào năm 2014 phần lớn do sự gia tăng thuế thương vụ lên 8%. Abe đã gọi một cuộc bầu cử vào tháng 12 và hứa sẽ trì hoãn việc tăng thuế thương vụ hơn nữa vào năm 2018. Ông đã giành chiến thắng trong cuộc bầu cử.

Vào ngày 18 tháng 9 năm 2015, Quốc hội Nhật Bản đã ban hành luật quân sự Nhật Bản 2015 cho phép Lực lượng phòng vệ Nhật Bản tham gia tự vệ tập thể cùng các đồng minh trong chiến đấu lần đầu tiên theo hiến pháp 1947.[20]

Vào tháng 10 năm 2015, Lực lượng phòng vệ Nhật Bản được xếp hạng là quân đội mạnh thứ tư về các năng lực thông thường (số lượng nhân viên tích cực trong lực lượng vũ trang, xe tăng, máy bay trực thăng tấn công, máy bay, tàu sân bay và tàu ngầm) trong báo cáo của Credit Suisse.[21]

Một báo cáo Liên Hợp Quốc đã xác nhận rằng Vùng thủ đô Tōkyō là vùng đô thị đông dân nhất trên thế giới với tổng dân số ước tính 38.140.000 vào năm 2016.[22]

Năm 2018, Pokémon đã trở thành nhượng quyền truyền thông có doanh thu cao nhất mọi thời đại với doanh thu ước tính 90 tỷ đô la. Pokémon đã vượt qua số 2 Hello Kitty (80 tỷ đô la) và số 5 Chiến tranh giữa các vì sao (65 tỷ đô la).

Năm 2018, con số kỷ lục là 31.191.929 khách du lịch nước ngoài đã đến thăm Nhật Bản vào năm 2018. Đây là mức tăng 33% so với năm 2015 (19,73 triệu).[23] Trong năm 2017, 3 trong số 4 khách du lịch nước ngoài đến từ Hàn Quốc, Trung Quốc, Đài Loan và Hồng Kông, theo Tổ chức Du lịch Quốc gia Nhật Bản.[24]

Nhật Bản đã kích hoạt Lữ đoàn triển khai nhanh, đơn vị hải quân đầu tiên kể từ Thế chiến II, vào ngày 7 tháng 4 năm 2018. Họ được huấn luyện để chống lại quân xâm lược chiếm Quần đảo Nhật Bản.[25]

Vào tháng 9 năm 2018, Naomi Osaka đã trở thành người Nhật Bản đầu tiên tham dự một trận chung kết đơn Grand Slam và lần đầu tiên là nhà vô địch đơn Grand Slam. Naomi Osaka là người chiến thắng Giải quần vợt Mỹ Mở rộng 2018 nội dung đơn nữ.[26][27]

Năm 2018, lượng mưa cực lớn ở Tây Nhật Bản đã dẫn đến nhiều người chết ở Hiroshima và Okayama. Ngoài ra, một trận động đất trận động đất xảy ra ở Hokkaido, giết chết 41 người và gây mất điện toàn khu vực.[28]

JSDF đầu tiên gửi tới hoạt động gìn giữ hòa bình không do Liên hợp quốc lãnh đạo đã được phê duyệt vào tháng 4 năm 2019. Hai sĩ quan của JGSDF sẽ theo dõi lệnh ngừng bắn giữa Israel và Ai Cập theo lệnh Các lực lượng quân sự và quan sát viên đa quốc gia ở bán đảo Sinai từ ngày 19 tháng 4 đến ngày 30 tháng 11 năm 2019.[29]